Хлоргексидин, входящий в состав Касептурина-Д, обладает бактерицидной активностью в отношении грамотрицательных и грамположительных аэробных и анаэробных бактерий (в том числе возбудителей туберкулеза, кишечной палочки, стафилококков, стрептококков, сальмонелл), фунгицидной активностью в отношении дрожжеподобных грибов рода Кандида, дерматофитов и трихофитонов, вирулицидным действием в отношении липофильных вирусов.
Хлоргексидин нейтрализует аминогруппы белков клеток, проходит в мембрану бактериальных клеток, останавливается на цитоплазме и проникает в мембранную функцию, тем самым блокируя употребление кислорода, что способствует снижению уровня АТФ клеток, в результате клетки гибнут.
В присутствии крови, гноя, различных секретов и органических веществ антибактериальное действие Касептурина-Д сохраняется.